Õhusõidukite ülehelikiirusel lennuks Eesti õhuruumis on nõutav Vabariigi Valitsuse luba. Loa taotlus tuleb esitada Transpordiametile vähemalt viis tööpäeva enne väljalendu. Taotlus peab sisaldama järgmisi andmeid: 1) õhusõiduki riikkondsus, tüüp, registreerimistunnus; 2) õhusõiduki suurim lubatud stardimass (MTOW); 3) lennu eesmärk; 4) Eesti õhuruumi sisenemise ja väljumise punktid ning nende läbimise kellaajad; 5) kasutatav lennutasand.
Rahvusvahelisteks lendudeks vesilennukiga peab käitajal olema Transpordiameti luba, mille taotlus tuleb esitada vähemalt kaks tööpäeva enne lendu. Taotlus peab sisaldama 5. peatükis nõutud andmeid.
Ükskõik millise õhusõiduki esimene maandumine Eesti territooriumil ja väljalend välisriiki peab toimuma nendes kohtades, kus on tagatud piiri- ja tolliteenindus.
Piloteeritavate vabalennuõhupallide sisenemiseks Eesti õhuruumi ja sellest väljumiseks on vaja Transpordiameti luba. Loa taotlus tuleb esitada vähemalt kaks tööpäeva enne väljalendu. Loa taotlus peab sisaldama järgmisi andmeid: 1) vabalennuõhupalli kirjeldus (tüüp, materjal, suurus, värvus, kaal, last jne); 2) stardikoht ja/või Eesti õhuruumi sisenemise ja väljumise punktid ning marsruut Eestis; 3) lennukõrgused; 4) kasutatavad raadioseadmed ja -sagedused.
Välisriigi lennuettevõtja peab lennutööde tegemiseks taotlema Transpordiameti luba. Loa taotlus tuleb esitada vähemalt viis tööpäeva enne tööde kavandatud algust ja see peab sisaldama 5. peatükis nõutud andmeid, millele on lisatud lennutööde tellija nimi, aadress ja sidevahendite numbrid.
Välisriikide eksperimentaalõhusõidukite lennud sisenemisega Eesti õhuruumi, samuti katselende sooritavate õhusõidukite lennud ning demonstratsioonlennud võivad toimuda ainult Transpordiameti loal. Loa taotlus peab sisaldama 5. peatükis nõutud andmeid.
Suure kiirgusintensiivsusega või muul viisil õhusõiduki pardasüsteemide või maapealsete side-, seire- ja navigatsioonisüsteemide tööd häirida võivate seadmete kasutamiseks lendava õhusõiduki pardal tehtavatel töödel on vaja Transpordiameti luba, kui tegemist on Eesti õhusõidukiga, või Välisministeeriumi luba, kui tegemist on välisriigi õhusõidukiga. Loa taotlus peab sisaldama lisaks 4. peatükis nõutud andmetele töödel kasutatava aparatuuri kirjeldust, tööde tellija nime, aadressi ja sidevahendite numbreid.
Allahelikiirusega tsiviilkasutuses olev reaktiivlennuk, mille suurim lubatud stardimass on 34 tonni või rohkem ja reisijakohtade arv on üle 19, võib maanduda Eesti lennuväljale või startida sellelt, kui tema müratase ei ületa 1944. aasta Chicago rahvusvahelise tsiviillennunduse konventsiooni lisa 16 «Keskkonnakaitse» 1. köite II osa 3. peatükis toodud piirväärtusi.
Paragrahvis 40¹ nimetatud lennuk, mille müratase ületab §-s 40¹ nimetatud piirväärtusi, võib maanduda Eesti lennuväljale või startida sellelt ainult Transpordiameti loal. Loa saamiseks tuleb vähemalt seitse päeva enne lendu esitada Transpordiametile taotlus koos §-s 41 loetletud andmetega ning koopiaga õhusõiduki registreerinud riigi poolt väljastatud või tunnustatud mürasertifikaadist.
4. peatükis sätestatud lendudeks välisriigi õhusõidukiga Eesti õhuruumis tuleb taotleda lennuluba. Taotlus lennuloa saamiseks esitatakse Transpordiametile koos järgmiste andmetega: 1) käitaja nimi, aadress ja sidevahendid; 2) õhusõiduki riikkondsus, tüüp ja registreerimistunnus; 3) õhusõiduki suurim lubatud stardimass (MTOW); 4) kapteni nimi, meeskonna suurus; 5) lennu eesmärk ning kirjeldus/liik; 6) lähtelennuväli, marsruut, sihtlennuväli; 7) lennu kuupäevad ning kellaajad; 8) Eesti õhuruumi sisenemise ja väljumise punktid ning nende läbimise kellaajad; 9) meeskonnaliikmete, reisijate ja kolmandate isikute kasuks tehtud kindlustust tõendavad dokumendid või nende koopiad; 10) taotletava lennuloa kehtivusaeg.
Taotlust ei rahuldata, kui: 1) pole tagatud lennuohutus; 2) taotleja pole esitanud kõiki nõutavaid andmeid või on esitanud valeandmeid; 3) kui taotleja asukohariik keeldub Eesti lennuettevõtja samaväärse taotluse rahuldamisest.
Lennuliikluse teenuste osutamise vajalikkuse üle konkreetses õhuruumi osas või konkreetsel lennuväljal otsustab Transpordiamet, kes määrab osutatava teenuse liigi, arvestades liikluses osalevate õhusõidukite tüüpe, sooritatavate lendude liike, liiklustihedust, meteoroloogilisi tingimusi ja muid lennuliiklust mõjutavaid tegureid.
Transpordiamet tagab lennuliikluse teenindamise tsiviil- ja riiklikus lennunduses lennuettevõtjate ja lennuliiklusteenistuste sertifitseerimiseelse kontrolli, sertifitseerimise, lennujuhtimis- ja raadionavigatsiooniseadmete sertifitseerimise ning lennuliikluse lennujuhtide ja informaatorite atesteerimise kaudu.
Lennuliiklust teenindavad järgmised Transpordiameti poolt sertifitseeritud lennuliiklusteenistused: 1) lennuliikluse juhtimisteenistus – lähi-, lähenemis- või piirkondlik lennujuhtimise üksus, kes vastutab lennujuhtimise, teabe- ja häireteeninduse eest kontrollitavas õhuruumis ning kontrollitavatel lennuväljadel; 2) lennuvälja lennuinformatsiooniteenistus – üksus, kes vastutab lendude ohutuse ja efektiivsuse tagamiseks vajalike nõuannete ning teabe andmise ja häireteenuste osutamise eest mittekontrollitavatel lennuväljadel.
Eesti õhuruumi neis osades, kus lennuliiklust teenindavad naaberriikide lennuliiklusteenistused, toimub vastavalt nende riikidega sõlmitud rahvusvahelistele kokkulepetele lennuliikluse teenindamine neis riikides kehtivate õigusaktide kohaselt.
Lennuliiklusteenistus võib sõltuvalt vajadusest, mille üle otsustamisel arvestatakse §-s 43 toodud asjaolusid, töötada vaheldumisi lennuliikluse juhtimisteenistusena või lennuvälja lennuinfoteenistusena.
Lennuliiklusteenistus, kelle kontrollitavas õhuruumis (vastutusalas) õhusõiduk asub, tagab õhusõiduki lennujuhtimise ja hajutamise senikaua, kuni õhusõiduk väljub selle lennujuhtimisteenistuse poolt kontrollitavast õhuruumist.
Lennujuhtimine antakse teisele lennujuhtimisteenistusele üle teenistuste vastutusalade piiril või kokkulepitud kohas. Lennujuhtimise üleandmiseks on vajalik kooskõlastus teenistusega, kelle vastutusalasse õhusõiduk suundub.
Lennuliiklusteenistus, kelle vastutusalasse õhusõiduk suundub, ei tohi anda õhusõidukile lendu puutuvaid korraldusi enne, kui see on jõudnud tema vastutusalasse. Teise lennujuhtimisüksuse vastutusalas asuvale õhusõidukile antud loa muutmiseks tuleb saada nõusolek vastutavalt lennujuhtimisteenistuselt.
Kaitseväe õhusõidukite lennutegevust selleks ajutiselt eraldatud õhuruumiosades ja kriisiolukorras korraldab vastav õhuväeteenistus koostöös lennuliiklusteenistustega, kelle vastutusalades toimuvat lennutegevust võivad Kaitseväe õhusõidukite lennud mõjutada.
Külgnevad lennuliiklusteenistused sõlmivad omavahelisi koostööprotseduure kirjeldavad kokkulepped (sh naaberriikide külgnevate lennuliiklusteenistustega) ja teevad koostööd eesmärgiga tagada katkematu ja võimalikult ühtlane teeninduse tase.
Õhuturbe teostamisel võivad osaleda Eesti Vabariigiga kollektiivse enesekaitse põhimõtet sisaldava lepingu osapooleks oleva riigi relvajõud. Õhuturbe teostamise harjutamiseks võib Kaitseväe või rahvusvahelise organisatsiooni vastav teenistus koostöös asjaomaste lennuliiklusteenistustega läbi viia treeninglende vastavalt treeninglendude plaanile, mille on kooskõlastanud Transpordiamet. Õhuturbe teostamise harjutamiseks taotleb Kaitseministeerium Vabariigi Valitsuselt piiritletud õhuruumi osade eraldamist.
Õhuturbe teostamisel osalevate õhusõidukite õhuruumi kasutamist korraldab Kaitseväe või rahvusvahelise organisatsiooni vastav teenistus koostöös asjaomase lennuliikluse juhtimisteenistusega. Lennuliikluse ohutuse tagamiseks sõlmivad Transpordiamet ja Kaitsevägi koostöökokkuleppe, mis sätestab Kaitseväe või rahvusvahelise organisatsiooni vastava teenistuse ja asjaomase lennuliiklusteenistuse koostööprotseduurid õhuturbe teostamisel ning poolte õigused, kohustused ja vastutuse.
Õhuturbe teostamisel osalevatel õhusõidukitel on prioriteet teiste lendude suhtes Eesti õhuruumis, välja arvatud nende lendude suhtes, mille lendu on ebaseaduslikult sekkutud või mis on hädaolukorras. Tsiviillennunduse ohutuse tagamiseks suunab asjaomane lennuliiklusteenistus muu lennuliikluse ohtlikust alast eemale. Vastavad protseduurid nähakse ette §-s 69² nimetatud koostöökokkuleppes.